SMA Negeri 3 Mimika di Kokonao didirikan pada Juni 2005 oleh Kepala Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Kabupaten Mimika Ausilius You, S.Pd, MM. Pada awalnya sekolah ini mengunakan gedung yang ditinggalkan oleh SD Inpres Mimika Barat di Kokonao. Waktu sekolah ini didirikan, saat itu ada sedikit protes dari guru-guru serta kepala sekolah inpres Mimika Barat karena merasa tidak puas, sebab saat itu SD Inpres Mimika Barat masih aktif berjalan. Namun oleh kepala dinas Pendidikan dan Kebudayaan Kabupaten Mimika, sekolah itu akhirnya ditutup. siswanya kemudian dialihakan ke SD YPPK Kokonao, sedangkan seluruh aset sekolah tersebut digunakan oleh SMA Negeri 3 Mimika.
Meski harus berjalan tanpa sarana dan prasarana yang memadai, sekolah yang hingga kini masih dipimpin oleh Noe Kramandondo terus berusaha membenahi diri dan melengkapi sarana dan prasarana penunjang proses belajar mengajar demi mendidik anak-anak Papua di daerah pesisir Mimika.
